教會乃蒙主耶穌基督選召之人結合而成之團體，係上帝用祂自己的寶血贖回的(使徒行傳20章28節)。主耶穌基督是「教會之首」(歌羅西書1章18節)，教會領受聖靈，得真理的神臨在(約翰福音14章17節)與啟導而成長。教會是一體具有許多肢體(哥林多前書12章27節)，主的百體都要遵行教會之首--主耶穌基督的命令與祂的教訓。這個主的教會是獨一、聖而公、與使徒性的教會。
教會由主耶穌領受寶貴的「話」，這話就是真理，是福音。這真理是教會的信仰和生命的基礎，故教會是真理的柱石和根基(提摩太前書3章15節)。教會應保護這真理並宣揚這寶貴的福音；因為主耶穌命令祂的教會，當去普天下宣揚這福音(馬太福音28章19節)。教會宣揚主的福音而成長擴展於全世界。因此，教會應具有適當的組織，使它能健全地發展。主耶穌曾將治理與照顧的權柄及職份交給祂的教會。
台灣基督長老教會便是這種教會。
主後1865年，英國長老教會的馬雅各醫生(Dr. James Maxwell)到達台灣南部，開始宣揚福音及醫療工作，主後1872年，加拿大長老教會的偕叡理牧師(Rev. George L. Mackay)到北部開始工作，這些宣教事工的開拓曾進展至組織中會的階段。南部中會與北部中會各於主後1896年與1904年成立，南北兩教會各自發展了一段時間，於主後1912年組成台灣基督長老教會大會，互相聯絡與合作，並制定教會憲法、規則、典禮以及聖詩等。同時，為配合各地教會的發展並加強各自教會的組織，南部大會與北部大會各於主後1931年與1940年成立。主後1945年第二次世界大戰結束以後，長老教會把握良機，為達成「台灣歸主」的目標，一面向外宣揚福音，一面向內加強合一團結，終於在主後1951年5月7日南北兩大會在台北創立「台灣基督長老教會總會」。本教會現行的憲法、行政法、規則與諸條例乃經本總會通過公布而制定者。
十六世紀宗教改革時，加爾文根據聖經的解釋及教理而組織長老主義政治，經過英國與加拿大兩長老教會的介紹而傳入台灣，故台灣基督長老教會乃繼承加爾文主義的改革宗信仰與長老教會制度者。本教會根據聖經深信三位一體的上帝：聖父上帝，創造宇宙全能的主宰，以奇妙的慈愛和恩惠，於耶穌基督裡拯救選召祂的子民；聖子上帝，世界的救主，為我們的罪降生，死在十字架上，復活昇天；聖靈上帝，保惠師真理的靈，內在於教會與世界的上帝的能力。此福音的真理全部啟示在新舊約聖經裡，它是上帝的話語，以聖靈的光照耀，作為我們基督徒信仰與生活唯一的規準。本教會誠以使徒信經、尼西亞信條、韋斯敏斯德信仰告白及台灣基督長老教會信仰告白為信仰告白。
長老主義制度乃由各堂會所選出的代表專負治理之責。這些代表被稱為「長老」(使徒行傳14章23節、20章17~28節、提多書1章5~9節等)，長老有「治會管理的長老」與「傳道訓誨的長老」，後者是牧師(提摩太前書5章17節)。台灣基督長老教會以牧師與長老組成三種議會推行一切事工：就是各堂會的「小會」，各區域的「中會」，與全國的「總會」。我們深信長老教會制度具有聖經上與神學上的根據，旨在彰顯基督的王權與主權。